Theo Quyết định số 1527/QĐ-TTg, Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Văn Thành làm Trưởng Ban Chỉ đạo. Các Phó trưởng Ban gồm: Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Lê Minh Hoan (Phó trưởng ban thường trực); Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Nguyễn Hoàng Hiệp; Phó Chủ tịch thường trực Ủy ban quốc gia ứng phó sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn, Phó Tổng tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam Nguyễn Trọng Bình; Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Cao Lục; Tổng cục trưởng Tổng cục Phòng, chống thiên tai Trần Quang Hoài.

Ban Chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai (Ban Chỉ đạo) còn có 26 ủy viên là lãnh đạo một số Bộ, ban, ngành.

Ban Chỉ đạo quốc gia về phòng chống thiên tai là tổ chức phối hợp liên ngành, có chức năng giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ tổ chức, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành trong phòng ngừa, ứng phó và khắc phục hậu quả thiên tai trên phạm vi cả nước. Ban Chỉ đạo được sử dụng con dấu riêng để thực hiện các nhiệm vụ. 

Nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Chỉ đạo là nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành trong công tác phòng, chống thiên tai; giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các địa phương trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành về phòng, chống thiên tai.

Bên cạnh đó, Ban Chỉ đạo giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các địa phương trong việc thực hiện những vấn đề quan trọng, liên ngành về phòng, chống thiên tai; thực hiện nhiệm vụ thuộc trách nhiệm của Ban Chỉ đạo được quy định cụ thể tại khoản 4 Điều 25 Nghị định số 66/2001/NĐ-CP ngày 7/7/2021 của Chính phủ và nhiệm vụ khác theo phân công của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ. 

Về quy chế và tổ chức hoạt động, Ban Chỉ đạo hoạt động theo quy chế do Trưởng Ban Chỉ đạo ban hành. Trưởng Ban, Phó Trưởng ban và các ủy viên Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm.

Ngọc Khánh