Tháng 8/2018, Thanh tra Bộ Xây dựng giao Nguyễn Thị Kim Anh làm trưởng đoàn thanh tra đến UBND huyện Vĩnh Tường, tỉnh Vĩnh Phúc, để thực hiện kế hoạch thanh tra. Nguyễn Thị Kim Liên, Đặng Hải Anh và Nguyễn Thị Thùy Linh đi cùng và giúp việc cho trưởng đoàn.

Theo cáo buộc, Kim Anh biết quy định chỉ được thanh tra đối tượng là UBND huyện Vĩnh Tường. Còn UBND các xã không thuộc diện thanh tra nhưng bị cáo lên kế hoạch rà soát các xã để tìm vi phạm, từ đó nhiều đơn vị sẽ phải nộp tiền để xin giảm nhẹ hoặc bỏ qua sai phạm. 

Quá trình làm việc, Kim Anh và đồng phạm đã đánh giá nhiều đơn vị có sai phạm về xây dựng. Sau đó, Kim Anh soạn dự thảo thanh tra, buộc những đơn vị này phải thừa nhận vi phạm, ép các đối tượng bị thanh tra phải chi tiền.

Cơ quan tố tụng cho rằng do lo sợ bị xử lý, nhiều chủ đầu tư và nhà thầu xây dựng ở Vĩnh Tường đã tìm gặp Kim Anh và cán bộ đoàn thanh tra, đặt vấn đề "tạo điều kiện giúp đỡ giảm nhẹ hoặc bỏ qua lỗi vi phạm".

Từ cuối tháng 5 đến đầu tháng 6/2019, Nguyễn Thị Kim Anh cùng các bị cáo đã nhận hơn 2,1 tỷ đồng của 54 doanh nghiệp và hàng loạt cá nhân, tổ chức khác.

Trong vụ án, Kim Anh là trưởng đoàn, với mục đích vụ lợi, là người chủ mưu, đã chỉ đạo cấp dưới thực hiện nhiều hành vi trái thẩm quyền, không đúng chức trách được giao để đe dọa các bị hại nhằm chiếm đoạt tài sản.

Viện kiểm sát cho rằng Kim Anh phải chịu trách nhiệm cao hơn 3 bị cáo còn lại.