Thông tư số 03/2021/TT-BTC hướng dẫn, doanh nghiệp KHCN được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về doanh nghiệp KHCN, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.

Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp KHCNđược tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN. Trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN thì năm đầu tiên tính thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Trong thời gian đang được ưu đãi miễn thuế, giảm thuế TNDN, nếu năm nào doanh nghiệp KHCN không đáp ứng điều kiện về doanh thu của các sản phẩm hình thành từ kết quả KHCN đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu năm của doanh nghiệp thì năm đó doanh nghiệp KHCNkhông được hưởng ưu đãi và được tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN của doanh nghiệp KHCN.

Trường hợp doanh nghiệp KHCN đã có thu nhập chịu thuế nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế của năm đầu tiên dưới 12 tháng thì doanh nghiệp KHCN được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế ngay trong năm đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo. Nếu doanh nghiệp đăng ký để miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của năm đầu tiên đã có thu nhập chịu thuế để nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.

Trường hợp doanh nghiệp KHCN đã hoặc đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện ưu đãi doanh nghiệp KH&CN) mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN thì thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN theo điều kiện doanh nghiệp KHCN được xác định bằng thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN áp dụng cho doanh nghiệp KHCN trừ đi thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN đã hưởng theo điều kiện ưu đãi khác.

Trường hợp doanh nghiệp KHCN đang hoạt động và đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện doanh nghiệp KHCN được cơ quan có thẩm quyền bổ sung sản phẩm hình thành từ kết quả KHCN vào Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm hình thành từ kết quả KHCN bổ sung được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế TNDN cùng với ưu đãi miễn thuế, giảm thuế TNDN của doanh nghiệp KHCN đang được hưởng cho thời gian còn lại.

Ngọc Khánh